Vrijdag opende Francesco Bagnaia het MotoGP-weekend op Mobility Resort Motegi al met de snelste tijd in de eerste vrije training. In de tweede vrijdagse oefensessie was de snelste tijd voor Aprilia-rijder Marco Bezzecchi, terwijl de meeste grote namen zich rechtstreeks wisten te plaatsen voor de strijd om het tweede deel van de kwalificatie. Er was echter één uitzondering: Álex Márquez wist voor het eerst in 2025 niet bij de snelste tien te eindigen in de training en moest zaterdagnacht Nederlandse tijd dus al in Q1 aantreden om te proberen een van de twee resterende plekken in Q2 veilig te stellen.
Uiteindelijk wist Márquez zich via het eerste segment van de kwalificatie te plaatsen voor de strijd om pole-position. De Gresini Ducati-rijder kwam tot een 1.43.267 en dat bleek voldoende om als nummer twee door te dringen tot Q2. Márquez moest alleen Franco Morbidelli met veertien duizendsten van een seconde verschil voor zich dulden, al had hij in de slotfase wel wat mazzel dat een mogelijke verbetering van Ai Ogura niet doorging door gele vlaggen. Die werden veroorzaakt door een crash van Álex Rins, die de negende tijd klokte. Ook Fermín Aldeguer (vijfde) en Brad Binder (achtste) maakten een crash mee en werden mede daardoor uitgeschakeld. Ook voor Jorge Martín zat de kwalificatie er na Q1 op: de regerend wereldkampioen noteerde de zevende tijd en moet de races vanaf P17 op de grid aanvangen.
1'43.253
+0.014
1'43.267
+0.176
1'43.429
+0.197
1'43.450
+0.201
1'43.454
Vijf Ducati's, drie Honda's, twee Aprilia's, een KTM en een Yamaha mochten vervolgens uitmaken wie met pole-position voor de Japanse Grand Prix aan de haal zou gaan. Marc Márquez noteerde op zijn Ducati met 1.43.413 de eerste richttijd, maar meteen daarna moest hij al toezien dat Bagnaia zeven honderdsten onder zijn tijd dook. In de tweede helft van Q2 verschenen de rijders echter met nieuw rubber op de baan en dat leidde tot een nieuwe reeks verbeteringen. Zo meldden achtereenvolgend Morbidelli, Marc Márquez en zelfs Joan Mir zich even op de eerste positie, maar de pole-position zou toch aan hun neus voorbijgaan.
Die eer was in Motegi namelijk voor Bagnaia. De Ducati-rijder klokte met 1.42.911 de eerste tijd onder 1 minuut en 43 seconden op het Japanse circuit en troefde daarmee de verrassende Mir en Marc Márquez af. Op anderhalve tiende volgde Pedro Acosta op de vierde plaats, ondanks een technisch probleem vroeg in de sessie. Fabio Quartararo was vijfde, voor Morbidelli en Luca Marini. Álex Márquez wist uiteindelijk nog tot een achtste startpositie te komen, terwijl Marco Bezzecchi en Raúl Fernández de top-tien completeerden. Johann Zarco en Fabio Di Giannantonio waren de langzaamsten in Q2 en starten vanaf P11 en P12.
1'42.911
+0.092
1'43.003
+0.132
1'43.043
+0.158
1'43.069
+0.244
1'43.155
+0.259
1'43.170
+0.348
1'43.259
+0.360
1'43.271
+0.412
1'43.323
+0.442
1'43.353
+0.631
1'43.542
+0.660
1'43.571
De zaterdagse MotoGP-actie in Motegi werd traditiegetrouw afgetrapt met de tweede en afsluitende vrije training. In de laatste oefensessie van 30 minuten tekende Acosta met 1.44.108 voor de snelste tijd, op iets meer dan een tiende gevolgd door Ai Ogura. Het fabrieksteam van Ducati bezette met Marc Márquez en Bagnaia de derde en vierde positie, op de voet gevolgd door Morbidelli en Marini. De resterende plaatsen in de top-tien waren voor Bezzecchi, Honda-wildcard Takaaki Nakagami, Quartararo en Álex Márquez.
1'42.911
+0.092
1'43.003
+0.132
1'43.043
+0.158
1'43.069
+0.244
1'43.155
Source: Motorsport